İlahiyat fakültelerinde felsefe derslerinin kaldırılması hususunda YÖK önce kaldırılsın düşüncesini ileri sürdü. Kamuoyunda karşılık bulamayınca hatta tepki üzerine bu talebini iptal ettiğini açıkladı.
İlahiyat fakültelerinde felsefe derslerini kaldırma düşüncesi yerine, mevcut bölümlerin korunarak, yeni bölümler açılmasının tercih edilmesi ve hayata geçirilmesi bu camiadan talep edildi.
Edebiyat fakültelerinde mevcut sistem uygulamasına örnek verecek olursak İstanbul Üniversitesinde 21 bölüm açılarak eğitim vermekte olup, İlahiyat fakültelerinde de aynı müfredatın uygulanması isteği kabul gördü.
İstanbul Marmara Üniversitesi İlahiyat fakültesinin yürürlükteki bölümleri
Temel İslam bilimleri
Felsefe ve din bilimleri
İslam tarihi ve sanatları
İlköğretim din kültürü ve ahlak bilgisi öğretmenliği iken aşağıdaki yeni bölümlerin ihtiyaç olduğu bildirildi.
Tefsir ve Hadis Dersleri Bölümü
Arapça ve fars dili
Kur’an-ı Kerim ve kıraatı
Osmanlıca dili ve hayatı
Fıkıh ve kelam dersleri
İslam tasavvuf ve akaidi
İslam Dini ve mezhepler
İlahiyat fakültelerinde yukarıda sıralı yeni bölümlerin açılarak, eğitime kazandırılması, sorunları gidererek çözüm getirileceği öne sürüldü.

